La municipalité de Saint-Côme-Linière se situe sur la rive sud du Saint-Laurent, dans les contreforts des Appalaches. Elle fait partie de la Beauce et se trouve à une trentaine de kilomètres de la frontière du Maine. La rivière du Loup, un affluent de la Chaudière, traverse la paisible localité. La route 173 la relie, au nord, à Saint-Georges et, au sud, à Armstrong.